W roku 1652 idea i promień działalności św. Wincentego a Paulo pada na Warszawę, na kościół św. Krzyża. Królowa Maria Ludwika Gonzaga, żona dwóch polskich królów – Władysława IV i Jana Kazimierza, należała do Pań Miłosierdzia. Dzięki jej staraniom zostało założone w Polsce Bractwo Pań Miłosierdzia jeszcze za życia św. Wincentego.
Św. Wincenty pisał: od dwudziestu lat Bóg zsyła nam łaskę, by nasze dzieło wspierać i rozwijać. Chciał, by niewiasty rozwijały swój matczyny charyzmat wobec cierpiących. Jesteście matkami ubogich. Chciał, by kobiety ze stowarzyszeń działały w duchu wspólnoty i przyjaźni, i aby żyjąc w stowarzyszeniu wiary, modlitwy i dzielenia się, były wspierane przez comiesięczne spotkanie z opiekunem duchowym stowarzyszenia. Pragnął, aby to był ruch zorganizowany: ubodzy cierpią mniej z powodu braku hojności niż z powodu braku organizacji.
Stowarzyszenie Miłosierdzia św. Wincentego a Paulo istnieje w Polsce ponad 350 lat. Pod nazwą Panie Miłosierdzia pełniło opiekę nad ubogimi w duchu św. Wincentego a Paulo. Tak było do roku 1950. Decyzją władz PRL z 1950 r. zlikwidowano kościelną organizację Caritas oraz wszystkie instytucje o charakterze charytatywnym. Mimo tych restrykcji, Stowarzyszenie Miłosierdzia nadal prowadziło swoją działalność przy parafiach, organizowało szeroko zakrojoną pomoc na rzecz ubogich w sposób nieoficjalny, nie mając osobowości prawnej. Dopiero ustawa sejmowa z 17 maja 1989 r. regulująca stosunki Państwo-Kościół przywróciła Kościołowi pełną swobodę działania, także na odcinku charytatywnym, co pozwoliło na reaktywowanie różnych stowarzyszeń charytatywnych.
Na wniosek ks. Stanisława Wypycha – Wizytatora Polskiej Prowincji Zgromadzenia Misji, Prymas Polski Kard. Józef Glemp z upoważnienia 240 Konferencji Plenarnej Episkopatu Polski obradującej w Warszawie w dniach 30 kwietnia – 2 maja 1990 r. erygował Stowarzyszenie Miłosierdzia św. Wincentego a Paulo, które będzie wspomagać działalność charytatywną Kościoła.
Opracowano statut, dokonano wyboru władz i w Sądzie Wojewódzkim w Warszawie zarejestrowano Stowarzyszenie Miłosierdzia św. Wincentego a Paulo (RST 895 z datą 4 grudnia 1990 r.), uzyskując osobowość prawną, co określa Ustawa Prawo o Stowarzyszeniach. 29 listopada 2004 r. Stowarzyszenie uzyskało status „organizacji pożytku publicznego”.
Zgodne z dekretem, ks. Wizytator mianował pierwszego Moderatora Krajowego Stowarzyszenia ks. Józefa Jakimczaka CM.
Celem stowarzyszenia jest świadczenie miłosierdzia w oparciu o naukę, długoletnią praktykę i w duchu św. Wincentego a Paulo, dla wspierania i rozwoju najbardziej upośledzonych i potrzebujących.
W ramach Stowarzyszenia działa 22 Jednostki Terenowe:
Bydgoszcz, Chorzów, Gniezno, Gorzów Wlkp., Ignaców, Kościan, Kraków 1, Kraków 2, Limanowa, Obryte, Pabianice, Rabka, Skwierzyna, Słubice, Sopot, Tczew, Trzciel, Warszawa, Witoszyn, Wrocław, Żagań, Żmigród, Żywiec. Do Stowarzyszenia należy 340 członków, których w działaniu wspiera rzesza wolontariuszy ze wspólnot parafialnych.